核酸结构设计因简单的碱基配对法则而获得预测结构的能量支持, 且具备更强的折叠合成结构, 受到了广泛的关注. 然而, 核酸碱基的化学多样性缺乏, 使得核酸结构在功能上多样性比蛋白质弱, 因而限制了其在实际中的应用. 本文聚焦核酸分子工程, 尤其是对核酸结构以及分子间相互作用的研究; 基于核酸结构的空间可寻址性, 实现了多种材料在核酸结构上的位点可控的修饰; 基于对核酸分子序列的设计, 还实现了核酸分子间反应动力学参数的连续微调. 此外, 设计构建了合成分子化学反应网络、分子机器及核酸基生物材料, 并将这种绿色生物材料应用于生物分子识别、生物膜表面工程及生物催化等方向.