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脆蛇转录组序列的分析和系统发育定位
祝静静, 黎万顺, 高 虹, 徐 通, 鲍秋颖, 郑永祥, 周德敏, 夏 钢
2014 (4):
102-112.
摘要
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脆蛇是一种类似于蛇但是又具有蜥蜴的特征的爬行动物,
这些矛盾的特性与脆蛇的系统发育分类学有密切的关系.
脆蛇在传统中药中也有很多治疗作用. 基于这些方面,
本研究利用高通量测序方法对脆蛇胃肠道的转录组序列进行检测,
组装和注释. 最终获得4.6~Gbp高质量的数据, 组装获得58 959个单一的基因,
其中35 708(60.56{\%})个单一基因与数据库的基因相匹配.
为了确定脆蛇与蛇和蜥蜴的同源进化关系,
对同源基因家族和系统进化树进行了分析,
结果显示脆蛇的转录组序列更接近于蛇而不是蜥蜴. 除此之外还鉴定了10 613
cSSR标签, 其中\linebreak1
644个标签根据严格的标准能够用至少一个引物获得.
本研究第一次揭示了脆蛇胃肠道的转录组序列,
确定其在系统发育学上的定位.
这些序列和标签为脆蛇的研究提供了重要的资源.
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