为探究温室大棚池塘养殖条件下凡纳滨对虾 (Litopenaeus vannamei) 肠道与养殖环境中细菌群落之间的关系, 采用Illumina Miseq高通量测序方法, 对凡纳滨对虾肠道、养殖水体及底泥细菌的16S rRNA基因2个高变区 (V3—V4) 进行测序分析. 结果显示, 凡纳滨对虾肠道与养殖环境中的细菌分布于62门175纲381目631科1141属2035种. 根据测序结果, 对虾肠道中变形菌门 (Proteobacteria)、放线菌门 (Actinobacteriota) 和绿弯菌门 (Chloroflexi) 为优势菌门, 平均占比分别为33.67%, 25.33%和12.77%; 养殖水体中的优势菌门为放线菌门、蓝细菌门 (Cyanobacteria) 和变形菌门, 平均占比分别为29.33%, 27.0%和21.33%; 底泥中的优势菌门为变形菌门、绿弯菌门和厚壁菌门 (Firmicutes), 平均占比分别为28.33%, 17.33%和11.13%. 对虾肠道、水体和底泥的细菌群落在部分指标上存在明显差异, 如底泥菌群的ACE (Abundance-based Coverage Estimator) 指数和Chao指数最高, 对虾肠道菌群次之, 水体菌群最低; 对虾肠道菌群的丰富度与水体菌群相似, 均高于底泥菌群; Shannon指数上, 对虾肠道菌群高于水体菌群, 但低于底泥菌群; Simpson指数上, 对虾肠道菌群高于底泥菌群, 但低于水体菌群. 在操作分类单元水平上, 对虾肠道和底泥中检测到1492个相同单元, 对虾肠道和水体中检测到588个相同单元. 系统聚类分析和主坐标分析结果显示, 对虾肠道和底泥的细菌群落结构较为相似. 本研究揭示了凡纳滨对虾肠道细菌生态结构与养殖环境的相关性, 为其科学养殖提供了数据支撑.